La loupe ce sont les excroissances qu'il y a le long du fût. Ca peut être causé par une taille répétée des jeunes pousses comme dans le cas des arbres "tétards" très fréquents autrefois à la campagne (on les taillait pour récuperer des rameaux) ou par l'inclusion d'un corps étranger qui déclenche une sorte de tumeur. Les Americains par exemples ont des plantations de noyer (pour les crosses de fusil

) dans lesquels ils plantent des clous de cuivre pour déclencher l'apparition d'une loupe, mais ça ne marche pas à tous les coups.
La ronce c'est l'intersection entre le fût et une grosse branche ou entre deux grosses branches, il peut arriver que ça vienne également de la souche.
Le moucheté, comme dans l'érable à sucre ou dans le bouleau du Nord, on ne sait pas avec certitude d'où ça vient, probablement de phénomènes de formation de gouttes d'eau dans l'aubier, ces gouttes gèlent et provoquent ces petits noeuds (qui n'en sont donc pas vraiment), on pense ausi à l'action d'une varieté bien précise d'insecte parasite.
Les ondes sont des ondulations de la fibre du fût, quelle que soit leur forme (ondé, pommelé, flammé, etc...) c'est pareil, on ne sait pas exactement d'où ça vient, la piste génétique est étudiée mais il y en a d'autres, le réseau Hartmann par exemple. Le vent ne peut pas provoquer des ondes sur l'integralité du fût, en revanche il peut provoquer une sorte de "rubannage", quand le fût se vrille dans un sens pendant quelques années puis dans l'autre par la suite et ce en alternance mais dans ce cas il est rarement utilisable.
Le bois peut aussi être rubanné(comme l'est souvent le sapelli par exemple) sans que l'on sache vraiment pourquoi, là aussi il y a plusieurs théories.